Frage:
die Inhalte des Update-Packetes für die Shopware-Version 5.4.3 per FTP auf den Server übertragen, anschließend den Updater für die Shopware gestartet.
Nachdem die Datenbank aktualisiert wird erfolgt die Bereinigung und dabei ist dann der Fehler aufgetaucht:
Internal Server Error
The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.

Antwort:
Wenn die Bereinigung eines Ordners scheitert, könnte die max_allowed_packet_size von MySQL überschritten worden sein.
Diese beträgt auf Shared Servern 16MB und kann im Shared Bereich nicht verändert werden.
Hier muss die Datenbank geprüft werden, ob diese sehr große Datensätze aufweist. Das ist meist die Ursache, wenn die Meldung 500 in Verbindung mit "Error while sending QUERY packet." auftaucht.